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STR 基因座D18S535的遗传多态性研究

作者:毕思特科技 来源:毕思特科技 浏览数:100 发布时间:2018-9-13 10:14:15

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STR 基因座D18S535的遗传多态性研究 

关键词   法科学   短串联重复序列(STR)   遗传多态性    基因频率

     短串联重复序列(short tandem repeat systems,STR)属微卫星DNA。目前已发现的STR基因座大约有7000个,其中大多数具有遗传多态性,并显示出高度杂合性。本文应用PCR、PAGE技术对D18S535 STR基因座作了分型研究,并对北方地区汉族群体进行了遗传学多态性调查,获得该STR基因座的频率分布,计算了D18S535 STR基因座的杂合度(H)、个人识别能力(Dp)、非父排除率(PE)和多态信息总量(PIC)等群体遗传参数,为法科学亲子鉴定和个人识别提供理论依据[1,2]。

1材料与方法

1.1.1样品  北京汉族无关个体的EDTA抗凝血样142份(本室储备)。

1.1.2主要仪器  PE9600和9700型扩增仪(美国,PE公司),多功能电泳仪(LKB公司)。

1.1.3DNA提取  分离的白细胞,蛋白酶K消化,酚/氯仿抽提蛋白质,乙醇沉淀DNA,干燥后溶于TE溶液,-30℃保存。

1.2引物  由上海生工公司合成, 引物序列如下[2,3]: 

D18S535  A:5´-tca tgt gac aaa agc cac ac-3´

B:5´-aga cag aaa tat aga tga gaa tgc a-3´

1.3  PCR扩增

     扩增总体积20µl, 含:10×buffer2.0µl, dNTP2.0µl(2.5mmol/L),MgCl2 1.2µl(25 mmol/L),引物A、B各2.0µl(5µmol/L),Taq酶 0.2µl (含1u),模版DNA2µl(3-30ng),去离子水9.6µl。热循环参数为:96℃2min;94℃1min,60℃1min 70℃1.5 min, 10cycles;

90℃1min, 60℃1min, 70℃1.5 min, 20cycles, 60℃45min,4℃保存。

1.4  电泳分型  聚丙烯酰胺凝胶(变性胶)垂直电泳(T=5%,C=3%),胶板大小20㎝×34㎝。载样缓冲液为0.05%溴酚兰-50%蔗糖缓冲液,按1:1与扩增产物混合,上样量为3.4µl。恒电压15V/㎝,电泳1.5h。

1.5  染色   10%乙醇固定, 0.2%硝酸银染色20-30min, 0.28%mol/L无水碳酸钠-0.05‰甲醛混合溶液显色至谱带清晰。

1.6等位基因标准物的构建  电泳分离等位基因标准参考样品与几个不同型PCR扩增样品同步电泳,确定等位基因片段大小范围,按核心序列重复次数命名[4,5],将几个不同型样品混合PCR扩增,扩增产物即包括所有基因,作为位点的等位基因梯阶对照。

2  结果

D18S535 STR基因座电泳分型结果

Hardy-Weinberg平衡检验及等位基因频率分布的统计学结果

     分型并记录无关个体的基因型,计算基因频率,对基因型频率分布作Χ2检验,计算结果见表1。根据D18S535 STR基因座等位基因频率分布,分别计算中国北方汉族群体各位点的杂合度(H)、个人识别几率(Dp)、非父排除率(PE)和多态信息总量(PIC)。其结果见

3  讨论

为使本实验室和国内其他实验室对遗传标记分析结果的可比性和一致性,本研究采用已知DNA片段大小的分型参考样品与不同基因扩增样品混合物同步电泳,确定等位基因片段大小。等位基因按国际命名原则,构建了D18S535等位基因分型标准物。

D18S535 STR基因座染色体定位于第18号染色体,为四碱基重复序列(GATA)n ,多态片段大小为131~163,共调查了142个样本,发现了27种基因型,等位基因9个,等位基因频率最高的为*15(0.2641),最低的为*9(0.0035)。该基因座的H值为:0.887、Dp值为:0.927、PE值为:0.770、 PIC值为:0.796。

本研究的目的是建立D18S535 STR基因座的检测方法,了解北京地区汉族群体D18S535 STR基因座的遗传多态性。D18S535基因座基因型频率符合Hardy-Weinberg平衡定律,Dp值在0.927, 属人类高识别能力遗传标记系统,对于法科学的亲子鉴定和个人识别是很有实用价值的。这个STR基因座分型谱带清晰,重复性好,结果可靠,较好地节省了操作时间和实验材料,有利于推广和实际办案应用。

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